Vzhledem k biologické odbouratelnosti je tomuto palivu přiřazena nižší sazba DPH 5 %‚ čímž se značně snižuje konečná prodejní cena pro spotřebitele. I základní cena pro plátce DPH je výhodnější, než u motorové nafty. Bionafta má vysokou mazací schopnost (je mastnější než motorová nafta) a tím snižuje opotřebení motoru a prodlužuje životnost vstřikovacích jednotek. Mazací schopnost nafty je zvláště důležitá, protože některé části motoru jsou mazány přímo naftou a ne motorovým olejem, zvláště rotační vstřikovací čerpadla, kde jsou veškeré jeho pohyblivé části mazány naftou. Bionafta nevyžaduje žádné zvláštní podmínky pro uskladnění. Lze ji skladovat ve stejných zásobnících jako motorovou naftu. Bionafta při spalovacím procesu lépe shoří a tím výrazně snižuje kouřivost naftového motoru, množství polétavých částic, síry, oxidu uhličitého, aromatických látek a uhlovodíků vůbec. Díky svému složení je bionafta odbouratelná do 21 dnů a je tudíž vhodná mimo jiné i do provozů, kde hrozí kontaminace půdy pohonnými látkami, tj. zejména do zemědělské a lesní výroby, při pracích ve vodohospodářských ochranných pásmech apod. Bionafta je považována za tzv. čistič – má schopnost uvolňovat karbon a dokonale čistit motor a celý palivový systém a tím zabránit zadření motoru a zanášení palivových filtrů. Při delším používání bionafty je zajištěna v motoru i palivovém systému čistota a tím i delší životnost.