Možnost vyměření či doměření daně je v obecné rovině upravena v § 47 daňového řádu (zákona č. 337/1992 Sb., o správě daní a poplatků, v platném znění). V prvním odstavci se dozvíme, že daň nelze vyměřit ani doměřit po uplynutí tří let od konce zdaňovacího období, v němž vznikla povinnost podat daňové přiznání. Stejná lhůta platí také pro přiznání nároku na daňový odpočet.

Doba pro vyměření se tedy odvíjí od:
a) lhůty pro podání přiznání, která je řešena v § 40 zákona o správě daní a poplatků (dále jen ZSDP). Pozor: jedná se o zákonnou lhůtu, nikoli den, kdy bylo přiznání skutečně podáno,
b) od zdaňovacího období.

 

Zdaňovací období je vždy jasně dáno. Zákonné lhůty pro podání přiznání jsou následující:
1. U daní z příjmů je stanovena povinnost podat daňové přiznání nejpozději do tří měsíců po uplynutí zdaňovacího období, kterým bývá zpravidla kalendářní rok. To znamená, že lhůta pro podání je 31. března (popřípadě 30. června, pokud přiznání zpracovává daňový poradce).
2. U silniční daně je lhůta stanovena na 31. leden. Vyplývá z platného znění zákona č. 16/1993 Sb., o dani silniční, konkrétně z ustanovení § 15.
3. U daně z přidané hodnoty se povinnost podat přiznání váže na zdaňovací období (to může být měsíční nebo čtvrtletní). Jedná se o 25. den po jeho skončení (§ 40 ZSDP a § 101 zákona č. 235/2004 Sb., o dani z přidané hodnoty, v platném znění).  

Příklad první

Tříletá lhůta pro vyměření či doměření se počítá od konce zdaňovacího období, kterým je u obou daní kalendářní rok. Počítá se tedy od 31. prosince, takže lhůta pro vyměření či doměření uplynula 31. prosince 2007.

Příklad druhý

Lhůta se počítá od konce zdaňovacího období, v němž vznikla povinnost podat přiznání. Povinnost podat přiznání za leden vznikla v únoru, tudíž konec zdaňovacího období vychází na 28. února 2004. Od tohoto data se odvíjí tříletá lhůta pro vyměření či doměření. Ta tedy uplynula 28. února 2007.

Příklad třetí

Zdaňovacím obdobím, ve kterém vznikla povinnost podat přiznání, je druhé čtvrtletí roku 2004. Jeho konec nastává 30. června 2004. Tříletá lhůta pro vyměření či doměření tak uplynula 30. června 2007.

 

Jestliže podnikatel vykáže v daňovém přiznání ztrátu, dochází k prodloužení lhůty pro vyměření či doměření daně. A to jak pro zdaňovací období, v němž daňová ztráta vznikla, tak i pro všechna zdaňovací období, za která lze tuto daňovou ztrátu nebo její část uplatnit. Lhůta končí současně se lhůtou pro vyměření za poslední zdaňovací období, za které lze daňovou ztrátu ještě uplatnit (§ 38r zákona o dani z příjmů).

Od roku 2004 lze ztrátu nebo její část odečíst nejdéle v pěti zdaňovacích obdobích následujících bezprostředně po období, za které se ztráta vyměřuje (§ 34 zákona o dani z příjmů). 

Příklad čtvrtý

Tuto ztrátu si může uplatnit v následujících pěti letech, tedy od roku 2005 až do roku 2009. Daňové přiznání za rok 2009 bude (při nezměněných daňových předpisech) podávat 31. března 2010. Podle výše uvedených pravidel uplyne lhůta pro vyměření tohoto přiznání 31. prosince 2013. Toto je zároveň i konečná lhůta pro možnost doměření daně za rok 2004.

 

Samotné uplynutí tří let od konce zdaňovacího období, v němž vznikla povinnost podat daňové přiznání, však ještě neznamená konec možných problémů. A to přesto, že zmíněná tříletá lhůta je prekluzivní (prekluze znamená zánik práva jeho neuplatněním ve stanovené lhůtě).

Výše popsané postupy pro uplynutí lhůt totiž platí pouze tehdy, pokud správce daně (finanční úřad) neučinil před uplynutím tříleté prekluzivní lhůty úkon směřující k vyměření či dodatečnému stanovení daně (§ 47 odst. 2 ZSDP). V opačném případě běží tříletá promlčecí lhůta znovu od konce roku, v němž byl poplatník o tomto úkonu informován!

Možnost prodlužovat lhůty však není nekonečná: Vyměřit a doměřit daň lze nejpozději do deseti let od konce zdaňovacího období, v němž vznikla (původní) povinnost podat daňové přiznání.

 

Jistě vás napadne otázka: Co si představit pod slovy „úkon směřující k vyměření daně nebo jejímu dodatečnému stanovení“?

Názory na to, co je vlastně tímto úkonem, který určuje nový běh tříleté lhůty k vyměření či doměření daně, prošly v průběhu předchozích let poměrně zásadním vývojem. Zejména došlo k zúžení představ, že lhůtu prodlužuje jakýkoli úkon (tedy i ten, který udělá sám poplatník – například podá-li dodatečné daňové přiznání). Nakonec se vývoj názorů ustálil na poměrně jednoznačném stanovisku, které je navíc podloženo rozsudky Nejvyššího správního soudu: Přerušení prekluzivní lhůty (a začátek počítání nové) nemůže způsobit jakýkoli úkon, nýbrž pouze takový úkon finančního orgánu, který směřuje k vyměření daně nebo jejímu dodatečnému stanovení.

Úkon musí být započat ještě v době běhu původní tříleté prekluzivní lhůty, stanovené v odst. 1 ustanovení § 47 ZSDP. Daňový subjekt zároveň musí být o úkonu informován ještě v této (původní) lhůtě. Podle ustanovení § 21 ZSDP totiž platí, že řízení je zahájeno dnem, kdy byl daňový subjekt zúčastněný na řízení vyrozuměn o prvním úkonu.

K úkonům prodlužujícím lhůtu patří konkrétně zejména:
• výzva k podání daňového přiznání (v případech, kdy daňový subjekt nepodal řádné, popřípadě dodatečné přiznání),
• výzva k odstranění pochybností o údajích v daňovém přiznání podle § 43 ZSDP,
• zahájení daňové kontroly podle § 16 ZSDP.

Podstatné pro platnost úkonu přitom je, aby došlo k faktickému zahájení řízení. Nesmí jít tedy pouze o formální krok, neboť podle § 21 ZSDP se v úvahu bere vždy skutečný obsah právního úkonu.