Podle nového zákona o nemocenském pojištění č. 187/2006 Sb. budou  pojištění pro všechny pojištěnce budou (s výjimkou příslušníků, osob ve vazbě a odsouzených) provádět pouze okresní správy sociálního zabezpečení, nikoliv již zaměstnavatelé. Zřizují se informační systémy nemocenského pojištění, a to registr pojištěnců a registr zaměstnavatelů. Správcem registrů, jde-li o zaměstnané osoby, osoby samostatně výdělečně činné a zaměstnavatele zaměstnaných osob, je Česká správa sociálního zabezpečení. Jde-li o příslušníky a odsouzené osoby,  je správcem registrů služební orgán v oborech své působnosti.

Okresní správa sociálního zabezpečení vyplatí dávku ve lhůtě 1 měsíce následujícího po dni, v němž byla žádost (resp. doklad prokazující nárok na výplatu dávky) této správě doručena. Zaměstnanec má možnost si zvolit způsob výplaty dávky – výplata na účet nebo v hotovosti (poštovní poukázkou). Při výplatě v hotovosti (poštovní poukázkou) hradí náklady za doručení zaměstnanec. Dávky se vyplácejí do ciziny na základě žádosti pojištěnce, jen na jeho účet u banky a za úhradu nákladů této výplaty.

Zavádí se institut zvláštního příjemce, který umožňuje řešit situaci, kdy pojištěnec či jeho zákonný zástupce nemůže dávku přijímat. Tímto zvláštním příjemcem může být fyzická i právnická osoba, pokud s tímto ustanovením souhlasí.

Mění se povinnosti zaměstnavatelů a zdravotnických zařízení. Porušením či neplněním taxativně zákonem stanovených povinností se fyzické osoby (pojištěnci nebo příjemci dávky, kteří nejsou pojištěnci, zaměstnanci, OSVČ, fyzické osoba jako zaměstnavatelé, atd.) dopouštějí přestupků, za které lze ukládat pokuty. Právnické osoby (tj. i právnické osoby jako zaměstnavatelé) a  zdravotnická zařízení se dopouštějí porušením či neplněním zákonem stanovených povinností správních deliktů, za které jsou stanoveny pokuty.

V taxativně stanovených případech může OSSZ rozhodnout  o věci ve zkráceném řízení, na které se nepoužije správní řád a nevydává se rozhodnutí. Pojištěnec obdrží písemné oznámení.

O nárocích na dávky, které vznikly před 1. 1. 2009, se bude rozhodovat podle předpisů účinných před 1. 1. 2009. Dávky, na které vznikl nárok před 1.1. 2009 a tento nárok trvá po 31. 12. 2008, vyplácí po 31. 12. 2008 po dobu nejvýše jednoho roku ten, který byl příslušný k výplatě těchto dávek ke dni 31. 12. 2008.