Povinně jsou při splnění stanovených podmínek účastni nemocenského pojištění zaměstnanci a nově také smluvní zaměstnanci, tj. zaměstnanci zahraničního zaměstnavatele, kteří pracují pro smluvního zaměstnavatele se sídlem v České republice. Ve srovnání s dosavadní úpravou se z okruhu nemocensky pojištěných osob od 1. ledna 2009 vypouštějí společníci a jednatelé společnosti s ručením omezeným a komanditisté komanditní společnosti, členové družstev, u nichž podmínkou členství není pracovní vztah k družstvu, a dále studenti a žáci.

Zaměstnanec je  nemocensky pojištěn, jestliže splňuje následující tři základní podmínky:

Pokud bude zaměstnání trvat sice déle než 15 kalendářních dnů, ale sjednaný příjem bude nižší než 2  000 Kč,  jedná se o zaměstnání malého rozsahu. Při výkonu zaměstnání malého rozsahu bude zaměstnanec pojištěn jen v těch kalendářních měsících, v nichž dosáhl příjmu ve výši aspoň 2 000 Kč.

Dávky, které se vyplácí z nemocenského pojištění zaměstnancům jsou:

Všechny dávky, na které vznikne nárok v roce 2009, budou nově vyplácet pouze okresní (v Praze Pražská a v Brně Městská) správy sociálního zabezpečení (OSSZ/PSSZ/MSSZ).

Při souběhu nároků na tutéž dávku z více pojištění zakládajících účast na nemocenském pojištění se nově poskytne ze všech zaměstnání pouze jedna dávka, která se vypočte z příjmů dosažených ve všech těchto pojištěních.

Nemocenské se vyplácí od 15. dne pracovní neschopnosti až do jejího ukončení,maximálně však 380 kalendářních dnů počítaných od vzniku dočasné pracovní neschopnosti (včetně zápočtů předchozí doby trvání dočasné pracovní neschopnosti). Poskytuje se za kalendářní dny zaměstnanci, který byl uznán dočasně práceneschopným (nebo mu byla nařízena karanténa). Pracujícím starobním nebo plně invalidním důchodcům se nemocenské poskytuje po dobu nejvýše 70 kalendářních dnů (v rámci jedné pracovní neschopnosti a jednoho kalendářního roku) a skončením zaměstnání nárok na výplatu nemocenského zaniká.

Prvních 14 dní pracovní neschopnosti dostane zaměstnanec od svého zaměstnavatele náhradu mzdy. A to za pracovní dny a jen v době trvání pracovního vztahu. Od 15. kalendářního dne pracovní neschopnosti vyplácí nemocenské OSSZ/PSSZ/MSSZ.

V době pracovní neschopnosti stanoví ošetřující lékař práceneschopnému režim, který je povinen dodržovat, mimo jinézdržovat se na uvedené adrese místa pobytu v době pracovní neschopnosti  a dodržovat dobu povolených vycházek. Práceneschopný pojištěnec je povinen umožnit příslušné OSSZ/PSSZ/MSSZ, nebo v době prvních 14 dní pracovní neschopnosti zaměstnavateli, kontrolu dodržování režimu. Za porušení režimu může OSSZ/PSSZ/MSSZ nemocenské snížit nebo zcela odebrat, a to nejdéle na sto kalendářních dnů. Obdobně má podle zákoníku práce možnost snížit nebo odejmout v prvních 14 kalendářních dnech náhradu mzdy zaměstnavatel.

Ošetřovné dostává zaměstnanec, pokud nemůže vykonávat zaměstnání z důvodu ošetřování nemocného člena domácnosti. Náleží rovněž v případě, kdy zaměstnanec nemůže pracovat, neboť musí pečovat o zdravé dítě mladší 10 let, protože školské nebo dětské zařízení bylo uzavřeno (z důvodu havárie, epidemie, jiné nepředvídané události), dítěti byla nařízena karanténa, nebo osoba, která jinak o dítě pečuje, sama onemocněla. Ošetřovné vyplácí od prvního dne příslušná OSSZ/PSSZ/MSSZ po dobu nejdéle 9 kalendářních dní, popř. 16 kalendářních dní u osamělého zaměstnance, který má v trvalé péči dítě ve věku do 16 let, které neukončilo povinnou školní docházku. Rodiče či jiné oprávněné osoby se přitom mohou jednou v ošetřování vystřídat. Potvrzení „Rozhodnutí o potřebě ošetřování (péče)" vystaví pro tyto účely zaměstnanci ošetřující lékař dítěte nebo nemocného člena domácnosti. Dříve se tato dávka jmenovala podpora při ošetřování člena rodiny.

Peněžitá pomoc v mateřství (PPM), tzv. mateřská, se vyplácí po dobu 28 týdnů, popř. 37 týdnů při vícečetném porodu. Pojištěnka může začít čerpat mateřskou nejdříve 8 týdnů před očekávaným termínem porodu. Podmínkou nároku na PPM je trvání nemocenského pojištění alespoň po dobu 270 kalendářních dnů v posledních dvou letech před nástupem na mateřskou dovolenou. Žádost o PPM jí potvrdí ošetřující lékař (gynekolog), který na formuláři vyplní pravděpodobný den porodu.  PPM mohou ve více případech než dosud čerpat také muži.

Vyrovnávací příspěvek v těhotenství a mateřství se poskytuje zaměstnankyni, která  byla z důvodu těhotenství a mateřství dočasně převedena na jinou práci a z ní má bez svého zavinění nižší výdělek. Dávka se poskytuje těhotné zaměstnankyni nebo matce do konce 9. měsíce po porodu, pokud vykonávala práci, která je těmto ženám zakázána. Také zaměstnankyni, která nemůže vykonávat dosavadní práci, protože podle lékařského posudku ohrožuje její těhotenství, mateřství nebo kojení. Poskytuje se za kalendářní dny, v nichž trvalo převedení na jinou práci. Těhotné zaměstnankyni se vyplácí nejdéle do počátku šestého týdne před očekávaným dnem porodu. Z důvodu mateřství se vyrovnávací příspěvek poskytuje do konce 9. měsíce po porodu a u žen, které kojí, pak po dobu kojení. Potvrzení vystavuje ošetřující lékař (gynekolog), lékař závodní preventivní péče a zaměstnavatel.

Zaměstnanec uplatní nárok na dávku u svého zaměstnavatele předložením příslušného tiskopisu, (tj. např. rozhodnutí o dočasné pracovní neschopnosti – tzv. neschopenka, žádost o peněžitou pomoc v mateřství), který zpravidla vystavuje ošetřující lékař. Zaměstnavatel pak žádost o dávku spolu s podklady pro stanovení výše dávky zašle OSSZ/PSSZ/MSSZ. Ta nárok na dávku posoudí a dávku vyplatí nebo v opačném případě vydá rozhodnutí o zamítnutí dávky. Dávka se vyplácí ve lhůtě jednoho měsíce následujícího po dni, v němž byla řádně vyplněná žádost, resp. potřebné doklady doručeny příslušné správě sociálního zabezpečení. Zaměstnanec si volí způsob výplaty dávky – bezhotovostní výplatu na účet vedený u peněžního ústavu v ČR, nebo výplatu v hotovosti (poštovní poukázkou). Ve druhém případě je dávka snížená o náklady za doručení.