Po bioplaivech první generace – bioetanolu a bionaftě, které konkurovaly v surovinách potravinám a proto byly podle některých analyticků příčinou zdražování potravin a krmiv, by měla přijít biopaliva druhé generace.

 K jejich produkci by se měla využívat celulóza z travin nebo dřevin. Kromě snížení závislosti na fosilních zdrojích by biopaliva měla snížit emise skleníkových plynů. To však podle amewrické studie u paliv druhé generace zatím neplatí a nejméně do roku 2030 ani platit nebude. Autoři studie upozorňují na to, že pro vypěstování surovin na biopaliva druhé generace bube nutné používat velké množství hnojiv. Z nich se však uvolňuje oxid dusný, který je daleko nebezpečnějším skleníkovým plynem než oxid uhličitý. Hnojením se produkce obou zmíněných plynů radikálně zvýší. Biopaliva druhé generace takm budou na jednotku energie zatížena daleko větším objemem skleníkových plynů než klasická ropa.