Cílem jednotlivých programů je podpora výstavby vodovodů a kanalizací ve veřejném zájmu za účelem dosažení potřebného vybavení měst a obcí České republiky, podpora posílení protipovodňové funkce rybníků a vodních nádrží a zvýšení jejich bezpečnosti, podpora oprav povodní poškozeného majetku státu, s nímž mají právo nebo příslušnost hospodařit státní podniky Povodí, Lesy ČR a organizační složka státu Zemědělská vodohospodářská správa, podpora správy drobných vodních toků, správy hlavních odvodňovacích zařízení, obnovy a provozu vodních cest podle § 102 odst. 1 písm. b), f), i), k) vodního zákona a podpora opatření pro zajištění realizace usnesení vlády ČR č. 444 ze dne 21. dubna 2008.