Výdajem je podle § 24 odst. 2 písm. zt) ZDP paušální výdaj na dopravu silničním motorovým vozidlem (dále jen „paušální výdaj na dopravu"), pokud nebyl uplatněn výdaj na dopravu silničním motorovým vozidlem podle písm. k) bodu 4. výše zmíněného odstavce ve výši 5 000 Kč za každý celý kalendářní měsíc zdaňovacího období nebo období, za které se podává daňové přiznání, v němž poplatník využíval příslušné silniční motorové vozidlo k dosažení, zajištění nebo udržení zdanitelných příjmů, s výjimkou příjmů podle § 10 ZDP, a současně toto silniční motorové vozidlo nepřenechal ani po část příslušného kalendářního měsíce k užívání jiné osobě.

Pro účely tohoto zákona se má za to, že poplatník užívá silniční motorové vozidlo, u kterého uplatňuje paušální výdaj na dopravu, výlučně k dosažení, zajištění nebo udržení zdanitelných příjmů, pokud tak prohlásí, není-li prokázáno jinak. Paušální výdaj na dopravu je možno uplatnit nejvýše za 3 vlastní silniční motorová vozidla zahrnutá nebo nezahrnutá do obchodního majetku nebo v nájmu za zdaňovací období nebo období, za které se podává daňové přiznání.

Používá-li poplatník některé silniční motorové vozidlo, u něhož uplatňuje paušální výdaj na dopravu, pouze zčásti k dosažení, zajištění a udržení zdanitelného příjmu, lze na takové silniční motorového vozidlo uplatnit pouze část paušálního výdaje na dopravu stanoveného ve výši 80 % z částky 5 000 Kč (dále jen „krácený paušální výdaj na dopravu"). Pokud poplatník u některého vozidla uplatní v souladu s předchozí větou krácený paušální výdaj na dopravu, potom pro účely zákona platí, že ostatní vozidla, u nichž poplatník v souladu s tímto ustanovením uplatní paušální výdaje na dopravu, užívá výlučně k dosažení, zajištění a udržení zdanitelných příjmů.

Paušální výdaj na dopravu lze za předpokladu splnění ostatních podmínek uvedených v zákoně použít v případě silničních motorových vozidel prokazatelně zatříděných do kategorií L, M a N podle přílohy k zákonu č. 56/2001 Sb., o podmínkách provozu vozidel na pozemních komunikacích.

Ve zmíněné příloze se potom silničních motorová vozidla dělí mj. na kategorie L – motorová vozidla zpravidla s méně než čtyřmi koly (např. motocykl), kategorie M – motorová vozidla, která mají nejméně čtyři kola a používají se pro dopravu osob a kategorie N – motorová vozidla, která mají nejméně čtyři kola a používají se pro dopravu nákladů.

Paušální výdaj mohou použít za předpokladu splnění stanovených podmínek fyzické osoby v souvislosti s dosahováním příjmů zahrnovaných do dílčích základů daně podle § 7 a podle § 9 ZDP a právnické osoby. Plátci DPH jsou i v těchto případech povinni vést evidenci podle § 100 zákona o DPH.

Pro DPH platí stejný režim a pravidla jako před novelou umožňující u daně z příjmů zvolit dotčený paušální výdaj. Nárok na odpočet DPH a podmínky pro jeho uplatnění stanoví zejména § 72 a § 73 ZDPH. Nadále tak platí, že plátce má právo uplatnit nárok na odpočet, pokud přijme od jiného plátce zdanitelná plnění, použije je pro svoji ekonomickou činnost a doloží je daňovým dokladem. Dodržení těchto podmínek v daňovém řízení musí prokázat.

Použití paušálního výdaje na dopravu pro účely daně z příjmů neznamená automaticky, že plátce prokázal použití pro ekonomickou činnost pro účely uplatnění nároku na odpočet DPH. Zákon o dani z přidané hodnoty neurčuje a nikdy exaktně neurčoval, jaké důkazní prostředky pro prokázání správnosti daňové povinnosti má plátce daně předložit, stejně tak neobsahoval k doložení užití motorového vozidla pro ekonomickou činnost povinnost vedení právě tzv. knihy jízd. Bylo a je vždy na plátci daně, jakými důkazními prostředky užití motorového vozidla a spotřebu pohonných hmot pro ekonomickou činnost doloží. Vzhledem k uvedenému je třeba shrnout, že pouze volba a užití paušálních výdajů na provoz silničního motorového vozidla pro účely daně z příjmů neprokazuje pro účely daně z přidané hodnoty správnost uplatněného nároku na odpočet DPH.

Paušální výdaj může použít poplatník maximálně u tří silničních motorových vozidel za zdaňovací období nebo období, za které se podává daňové přiznání. Celkový počet těchto vozidel není u poplatníka omezen.

V případě uplatňování výdajů na dosažení, zajištění a udržení příjmů u čtvrtého a dalších vozidel je však poplatník povinen prokazovat výši vzniklých výdajů (nákladů) podle ostatních ustanovení § 24 ZDP.

Poplatník, který uplatňuje krácený paušální výdaj u vozidla, které používá k dosažení, zajištění a udržení zdanitelného příjmu pouze zčásti, bude uplatňovat krácení ostatních souvisejících výdajů podle § 25 odst. 1 písm. zp) ZDP. Dále je povinen, podle § 28 odst. 6 ZDP, při odpisování hmotného majetku, který je pouze zčásti používán k zajištění zdanitelného příjmu, zahrnout do výdajů k zajištění zdanitelného příjmu poměrnou část odpisů. Při odpisování silničního motorového vozidla, u kterého je poplatník povinen uplatnit krácený paušální výdaj na dopravu, se poměrnou částí odpisů rozumí 80 % odpisů.