Počínaje 1. lednem 2010 došlo ke změně systému udělování výjimek z pravidel ekologického zemědělství. Tyto výjimky byly dosud z pověření Ministerstva zemědělství udělovány jednotlivými kontrolními subjekty.

K těmto změnám došlo v souladu s nařízením Rady (ES) č. 834/2007 o ekologické produkci a označování ekologických produktů a o zrušení nařízení (EHS) č. 2092/91 a nařízením Komise (ES) č. 889/2008, kterým se stanoví prováděcí pravidla k nařízení Rady (ES) č. 834/2007 o ekologické produkci a označování ekologických produktů, pokud jde o ekologickou produkci, označování a kontrolu. Článek 27 odst. 7 písm. b) NR č. 834/2007 zakazuje, aby příslušný orgán (MZe) pověřil kontrolní subjekty (KEZ o.p.s., Biokont CZ, s.r.o., ABCERT AG, organizační složka) pravomocí udělovat výjimky.