Zákon obsahuje změnu ustanovení § 36a odst. 3 písm. d), kdy se z výčtu osob, u nichž se při dodání zboží nebo poskytnutí služeb za úplatu nižší než je cena obvyklá, jako základ daně použije cena obvyklá, vypouští osoby v pracovněprávním nebo jiném obdobném vztahu k plátci (zejména zaměstnanci). Od účinnosti tohoto zákona se při dodání zboží nebo poskytnutí služeb těmto osobám použije jako základ daně nikoliv cena obvyklá, ale částka hrazená příjemcem plnění (zaměstnancem).

Současně zákon stanovil, že pro uplatnění daně z přidané hodnoty za zdaňovací období přede dnem nabytí účinnosti tohoto zákona, jakož i pro uplatnění práv a povinností s tím souvisejících, se použije zákon č. 235/2004 Sb. ve znění účinném ode dne nabytí účinnosti tohoto zákona.

Plátci daně, kteří v období od 1. ledna 2010 do data účinnosti tohoto zákona postupovali při stanovení základu daně podle § 36a odst. 3 písm. d) ve znění zákona o DPH platném od 1. ledna 2010, mohou provést opravu základu daně a výše daně podle § 41 zákona č. 377/1992 Sb., o správě daní a poplatků, ve znění pozdějších předpisů, v dodatečném daňovém přiznání, případně plátce provede opravu základu daně a výše daně způsobem stanoveným v § 42 zákona o DPH.