V rámci povinností vyplývajících ze zákona č. 326/2004 Sb., o rostlinolékařské péči a o změně některých souvisejících zákonů (dále jen „zákon“) byl ÚKZÚZ pověřen Ministerstvem zemědělství, aby se ujal dozoru nad dodržováním závazků vyplývajících z evropské směrnice 2009/128/ES. Za tímto účelem byl ve spolupráci s odborníky a plodinovými výzkumnými svazy zpracován kontrolní systém, jehož úkolem je zhodnotit úroveň plnění zákonné povinnosti. V současné době je k dispozici pouze kontrolní systém pro polní plodiny, do budoucna je však záměrem dobudovat systémy kontroly i pro další komodity. Podstata kontroly spočívá v hodnocení pěstitele dle úrovně plnění dílčích zásad na jím obhospodařovaných plochách. Nástrojem hodnocení je tzv. Kontrolní list, který obsahuje 20 otázek, za jejichž plnění je pěstitel hodnocen plným, zkráceným nebo nulovým počtem bodů. Otázky kontrolního listu jsou strukturovány dle vyhlášky č. 205/2012 Sb. o obecných zásadách integrované ochrany rostlin.

Zveřejněním veškerých informací vztahujícím se ke kontrolám IOR chce ÚKZÚZ podnítit pěstitele (profesionální uživatele přípravků) k tomu, aby si formou autokontroly prověřili své stávající pěstitelské technologie a zhodnotili úroveň plnění této povinnosti vyplývající ze zákona. Při formálně vedené kontrole inspektorem ÚKZÚZ bude již pěstitel, který si kontrolu provedl sám, obeznámen s nároky plynoucími z kontroly. Doplňující informace ke kontrole je možno nalézt v Průvodci kontrolním systémem. Jde o publikaci, ve které jsou specifikovány podmínky plnění pro jednotlivé otázky doplněné o stručná doporučení. Slouží pěstiteli jako návod k výkladu jednotlivých otázek a zahrnuje i doporučení pro ke kontrole předkládanou dokumentaci.

V roce 2014 budou kontroly dodržování zásad IOR probíhat v závěru sezóny. Podmínkou splnění zákonné povinnosti je dosažení limitu 120 bodů (z maxima 350 bodů).