Nově, od roku 2020 akční program zavádí v § 10 odst. 3 nařízení vlády omezení pěstování kukuřice v osevním postupu, kdy ve III. aplikačním pásmu nelze pěstovat tuto plodinu více než 2 roky po sobě. Na základě monitoringu obsahu minerálního dusíku v půdě na podzim bylo zjištěno, že po kukuřici zůstává ze sledovaných plodin největší množství reziduálního (zbytkového) minerálního dusíku v půdě. Na těchto pozemcích, pokud nebyl víceletý sled kukuřice přerušen, vzniká vyšší riziko vyplavení dusičnanů z půdy a tím i znečištění povrchových a podzemních vod. Tímto opatřením by mělo být zajištěno snižování rizika kumulovaného vyplavení dusíku za více let.

Kontrola max. dvouletého cyklu pěstování kukuřice začíná datem účinnosti 5. akčního programu, tedy dnem 1. 7. 2020. To znamená, že ve III. aplikačním pásmu se jako první kukuřice hodnotí kukuřice pěstovaná v roce 2020 a další kukuřici lze na daném zemědělském pozemku pěstovat ještě v roce 2021, přičemž v roce následujícím (2022) je nutné již plodinu změnit. Nezáleží tedy na tom, jaká plodina byla na daném zemědělském pozemku pěstována v roce 2019.

Vzhledem k tomu, že pozemky s kukuřicí (zemědělské parcely v LPIS) se mohou v rámci jednoho DPB posunovat nebo měnit tvar, je, s ohledem na praktickou stránku realizace (např. pásy plodin, nepřesné zasetí, posun hranic pozemku, přejezdy zemědělskou technikou), nastavena tolerance 10 % možného překryvu plochy kukuřice, a to v kterémkoliv roce pěstování. Tento překryv nebude považován za porušení požadavku.

Sled pěstování kukuřice je možné přerušit ozimou plodinou, která bude pěstována jako třetí hlavní plodina ve dvou letech. Typicky se jedná o pěstování ozimého žita sklizeného na senáž v následujícím roce, po kterém může být zaseta opět kukuřice. V tomto případě již není tato další kukuřice pěstována po kukuřici. Přerušení sledu pěstování kukuřice však není možné meziplodinou zapravenou na zelené hnojení, sklizenou na podzim nebo pěstovanou jako vymrzající. Mezi kukuřicí pěstovanou na siláž a na zrno není v rámci této podmínky uplatněn žádný rozdíl. Požadavek § 10 odst. 3 nařízení se týká i kukuřice pěstované ve směsi s jinou plodinou (slunečnice, čirok apod.).