Opakovaná daňová kontrola  
9.10.2006, Zdroj: Verlag Dashöfer
Jak vyplývá z judikatury, není opětovná daňová kontrola stejné daně za stejné období vyloučena. Je však přípustná jen při splnění podmínek stanovených zákonem o správě daní a poplatků.

Obecně nemá možnost orgán daňové správy opakovaně se zabývat věcí, která již byla řešena. Za překážku provádění opakované daňové kontroly se považuje především § 27 odst. 1 písm. e) zákona o správě daní a poplatků, podle něhož se daňové řízení zastaví v případě, že ve věci návrhu již bylo pravomocně rozhodnuto. To platí s výjimkou případů, kdy jde o rozhodnutí prozatímní povahy.

Opakování daňové kontroly bylo již námětem několika rozhodnutí Nejvyššího správního soudu i Ústavního soudu. Z judikatury týkající se této věci jsou zajímavá např. následující rozhodnutí:

• rozsudek Nejvyššího správního soudu čj. 5 Afs 223/2004-88 ze dne 15. 9. 2005,
• rozsudek Nejvyššího správního soudu čj. 2 Afs 31/2005-57 ze dne 24. 1. 2006,
• nález Ústavního soudu III. ÚS 510/02 ze dne 15. 5. 2003,
• nález Ústavního soudu II. ÚS 334/02 ze dne 13. 5. 2003.

Stěžejní pro možnost zahájit daňovou kontrolu ve věci, která již byla předmětem předcházející kontroly správce daně, je podle Ústavního soudu skutečnost, že zaměření daňové kontroly není totožné s předmětem předcházející daňové kontroly. Pokud tomu tak není, jde o věc již dříve rozhodnutou a následné daňové kontrole brání § 27 odst. 1 písm. e) zákona o správě daní a poplatků. Ústavní soud dále připouští opakovanou daňovou kontrolu, pokud se objeví nové skutečnosti, které správci daně v době předchozí daňové kontroly nebyly známé, a opakovaná daňová kontrola je provedena v rozsahu bezprostředně souvisejícím s nově zjištěnými skutečnostmi.

Závěry Ústavního soudu uvedené v předchozím odstavci si Nejvyšší správní soud vykládá tak, že zákaz opakovaného řešení téže věci je nutné přiměřeně použít i na daňovou kontrolu. Opakovaná daňová kontrola však není opakovaným rozhodnutím v téže věci, pouze je třeba na ni aplikovat stejné zásady. Podle § 27 odst. 1 písm. e) zákona o správě daní a poplatků se daňové řízení zastaví, pokud již bylo ve věci návrhu pravomocně rozhodnuto. Podle Nejvyššího správního soudu však tuto překážku nemůže založit ani prováděná daňová kontrola, ani zpráva o jejím provedení. Nejde o věc vyplývající z návrhu daňového subjektu nebo správce daně. Zpráva o daňové kontrole není rozhodnutím. Může posloužit jako důkazní prostředek, pokud skutečnosti v ní uvedené nejsou vyvráceny jiným důkazem. Zpráva o daňové kontrole ani provedená daňová kontrola, která je pouze dílčím postupem správce daně v rámci daňového řízení, proto nejsou překážkou opakovaného projednání uvedenou v § 27 odst. 1 písm. e) zákona o správě daní a poplatků.

Pokud na základě provedené daňové kontroly správce daně zjistí, že stanovená daňová povinnost je nesprávně nižší oproti zákonné daňové povinnosti, dodatečně daň doměří ve výši rozdílu mezi daní původně vyměřenou a nově na základě daňové kontroly stanovenou. Rozhodnutí o doměření daně není překážkou právní moc rozhodnutí o původním vyměření daně. Pokud tedy správce daně vydá na základě daňové kontroly platební výměr, kterým dodatečně doměří daň, není tento postup důvodem pro uplatnění ustanovení § 27 odst. 1 písm. e) zákona o správě daní a poplatků. Zákon o správě daní a poplatků naopak další, popř. opakované, doměření daně předvídá.

Z toho Nejvyšší správní soud vyvozuje, že zákon o správě daní a poplatků opakování daňové kontroly ani výslovně nezakazuje, ani výslovně neumožňuje. Jelikož daňové právo je součástí práva veřejného, lze na ně aplikovat jeho obecné zásady. Jednou z nich je princip, kdy správní orgán může činit pouze to, co mu zákon jako jeho oprávnění stanoví. Nikoliv tedy vše, co mu zákon nezakazuje. Jednou z právních zásad je nemožnost vést současně více řízení o téže věci a znovu rozhodnout o věci již rozhodnuté. To slouží pro právní jistotu účastníků řízení, že výsledek řízení byl již dán rozhodnutím a nelze jej kdykoliv změnit. Zjišťování skutečností rozhodných pro rozhodnutí nelze v téže věci kdykoliv libovolně opakovat, zvláště znamená-li zátěž v podobě zásahu do jeho subjektivních práv. Proto je na orgány provádějící zjištění kladen požadavek profesionality a patřičné odborné péče. To platí i pro postup správce daně při provádění daňové kontroly, kdy je možné tento procesní postup určený ke zjišťování a prověřování skutečností rozhodných pro správné stanovení daně použít pouze jednou. Výjimkou je situace, kdy správce daně sice postupoval při daňové kontrole profesionálně a s odbornou péčí, po skončení daňové kontroly vyšly najevo skutečnosti, které mohou měnit náhled na věc.

Nelze však dovodit možnost opakování daňové kontroly kdykoliv správce daně vymezí její předmět odlišně od kontroly předchozí nebo kdykoliv vyplynou nové skutečnosti. Není možné, aby daňová kontrola byla opakována proto, že správce daně při předchozí daňové kontrole postupoval neprofesionálně. Naopak není možné vyloučit opakování daňové kontroly v případě, že se přes předchozí profesionální postup správce daně objevily nové skutečnosti, které jsou důvodem pro opakované zkoumání již dříve daňovou kontrolou prověřovaných skutečností.

Opakování daňové kontroly je přípustné, je-li důvod nově zjišťovat skutkový stav. Možnost změny již dříve vyměřené daně lze provést pouze na základě institutů, které zákon o správě daně umožňuje. Těmi jsou mimořádné opravné prostředky uvedené v §§ 54 až 56 zákona o správě daní a poplatků, zejména institut obnovy řízení. Jsou-li dány podmínky pro využití tohoto institutu, je správce daně povinen řízení obnovit. Při zahájení opakované daňové kontroly musí správce daně vymezit a daňovému subjektu sdělit, v jakém rozsahu a z jakých důvodů bude opakovaná daňová kontrola prováděna.

Překážkou opakované daňové kontroly je však podle § 56a odst. 2 zákona o správě daní a poplatků skutečnost, že ohledně rozhodnutí v této věci probíhá přezkumné řízení u soudu. Jde např. o situaci, kdy se daňový subjekt odvolá proti rozhodnutí správce daně ohledně platebního výměru vydaného na základě zjištění z daňové kontroly. Pokud jeho odvolání správce daně nadřízený tomu, který platební výměr vydal, odvolání zamítne, může daňový subjekt podat žádost o přezkoumání rozhodnutí správního orgánu k soudu. Než soud rozhodne, nemůže správce daně obnovit řízení podle §§ 54 a 55 zákona o správě daní a poplatků.