Trvalé zemědělství si vytyčilo tři velké výzvy:
            –  ekonomická výzva (posílení životaschopnosti a konkurenceschopnosti zemědělského sektoru)
             – sociální výzva (zlepšení životních podmínek a možností výdělku ve venkovských oblastech)
             – a ekologická výzva (podpora životní prostředí chránících konání jakož i vytvoření služeb při udržování životních prostor, rozmanitosti druhů a krajiny).

Kromě toho musí trvalé zemědělství zvládnout potřeby a nároky spotřebitelů, zejména pokud se týče kvality, bezpečnosti a tradičních biologických výrobních postupů. Společná agrární politika na jedné straně předem určuje opatření, která posilují ekologickou únosnost zemědělské výroby (například investiční subvence na výrobní postupy šetrné vůči životnímu prostředí nebo podpora extenzivního chovu dobytka). Na druhé straně zahrnuje opatření, která zajišťují roli zemědělství jako strážce krajiny a povzbuzují ho k tomu, aby se aktivně zasazovalo za udržení krajiny a rozmanitost druhů. Ve středu této strategie jsou účelová opatření, která zemědělce za služby pro životní prostředí odměňují, pokud jdou tyto služby dále než je samozřejmé udržování dobré zemědělské praxe a dodržování zákonů na ochranu životního prostředí. Členské státy jsou povinny taková opatření zahrnout do všech jimi uváděných programů rozvoje venkova. Zemědělství šetrné vůči životnímu prostředí nelze žádným způsobem stavět na roveň se staromódními výrobními metodami. V ekologickém zemědělství (forma trvalého zemědělství) například moderní, a tím však přírodní, metody rostlinné výroby zabraňují používání pesticidů.

Výzkum na univerzitách a v zemědělských ústavech hraje klíčovou roli ve vývoji inovačních zemědělských metod a technik, které vyhovují požadavkům neznečisťování životního prostředí, i požadavkům na zdraví a kvalitu.