Nový systém je založen na jediném identifikačním dokumentu (pas), který bude zvířeti vystaven po narození nebo při dovozu a bude mít doživotní platnost. V návaznosti na tento dokument budou zvířata označována mikročipem (identifikace na základě rádiového kmitočtu – RFID), který bude obsahovat individuální identifikační číslo registrované v centrální databance, takže budou zvířata identifikovatelná i v případě, že změní jméno.

Identifikovatelnost zvířat je nezbytná nejenom z důvodů zdravotních, ale také z důvodu nutnosti plně dostát nárokům z hlediska ochrany veřejného zdraví, protože koňovití jsou poráženi také pro lidskou spotřebu. Na rozdíl od dosavadní legislativní úpravy (Směrnice 2001/82/EG) nový návrh stanovuje zavedení jednotného formuláře, který by měl zajistit, že se koňovití nestanou součástí potravního řetězce v případě, že postoupili vyjmenované lékařské úkony, popř. že nebudou posláni na porážku, pokud jim po dobu posledních 6 měsíců byly aplikovány taxativně vyjmenované veterinární preparáty. Právní úprava by měla pravděpodobně vstoupit v platnost dnem 1. července 2009.