Od 4.4.2008 platí nové znění nařízení vlády 103/2003 Sb., tzv. Nitrátové směrnice. Toto nové znění obsahuje několik, týkajících se především období zákazu hnojení a skladovacích kapacit. Tyto změny způsobily, že podíl 13% podniků, které neplnily požadavky 1. akčního plánu, se se zavedením 2.akčního plánu zvýšil na téměř 70%.

• Období zákazu hnojení bylo oproti prvnímu akčnímu plánu bylo zkráceno v klimatických regionech 6 – 9; u hnojiv s rychle uvolnitelným dusíkem bude zákaz platit až od 5.11. (původně 1.11.), u minerálních dusíkatých hnojiv končí zákaz již 15.2. (původně 28.2.) u jednoletých plodin a trvalých kultur resp. 15.3. (původně 31.3.) u travních a jetelovinotravních porostů.
• Naopak zákaz používání hnojiv s pomalu uvolnitelným dusíkem byl prodloužen o období 1.12. – 31.1.

• Také letní a podzimní omezení hnojení doznalo změn. III. Aplikační pásmo bylo rozděleno na půdy se středním a s vysokým stupněm infiltrace a jednotlivé limity přívodu dusíky byly upraveny – např. zvýšení limitů hnojení v I.aplikačním pásmu, upřesnění hnojení ke slámě, umožnění hnojení meliorovaných luk, umožnění hnojení hnojem na pozemcích s vyšší sklonitostí apod.

• Bylo zdůrazněno, že požadavek na dodržení limitu max. 170 kg N/ha se vztahuje v průměru na celou výměru podniku. Nově však byly zavedeny maximální limity přívodu dusíku pro jednotlivé plodiny.

• Nově byly zavedeny nehojené (minimálně) třímetrové pásy kolem vodních toků.

• Zásadní změnou je zavedení požadavku na uskladňovací prostory pro statková hnojiva dostačující pro šestiměsíční produkci. Vzhledem k tomu, že splnění tohoto požadavku si vyžádá značné investiční náklady, je jeho účinnost stanovena od 1.1.2014. Zemědělci tak na jeho splnění budou moci využít prostředků z Programu rozvoje venkova. Stejně tak je odložen i nový požadavek na možnost uložení hnoje na zemědělskou půdu až po tříměsíčním skladování na zpevněném hnojišti.