Správce daně provedl daňovou kontrolu daně z příjmů právnických osob za zdaňovací období r. 2006 a 2007 u daňového subjektu – právnické osoby, která má v obchodním rejstříku zapsán předmět podnikání: silniční motorová doprava nákladní, činnost účetních poradců, vedení účetnictví, vedení daňové evidence, specializovaný maloobchod a maloobchod se smíšeným zbožím, zprostředkování obchodu a služeb, skladování zboží a manipulace s nákladem.Kontrola byla zahájena Finančním úřadem A dne 16. září 2008 a zároveň byla daňovému subjektu předána výzva k předložení účetních dokladů a dále byl daňový subjekt touto výzvou vyzván k prokázání skutečností, které uvedl v daňových přiznáních k dani z příjmů právnických osob za rok 2006 a za rok 2007. Daňový subjekt se na finanční úřad nedostavil, doklady prokazující skutečnosti, které uvedl v přiznání k dani z příjmů právnických osob, nepředložil a nepodal žádná vysvětlení. Pracovníci Finančního úřadu A opakovaně daňový subjekt kontaktovali, s daňovým subjektem bylo sjednáno postupně šest dalších termínů k doložení požadovaných dokladů. Následně daňový subjekt doložil pouze část vykázaných nákladů na spotřebu materiálu, energií a služeb, které deklaroval jako daňově účinné náklady. Dne 20. února 2009 byla daňovému subjektu zaslána další výzva k prokázání částek v souhrnné výši 486 000 Kč za rok 2006, které daňový subjekt neprokázal žádnými důkazními prostředky. Ani na tuto výzvu daňový subjekt nereagoval, proto správce daně daňovým subjektem neprokázané náklady neuznal za náklady na dosažení, zajištění a udržení příjmů.

Mezi tím došlo ke změně adresy sídla společnosti a místně příslušným správcem daně se stal Finanční úřad B.Dne 17. července 2009 byla Finančním úřadem B daňovému subjektu opět zaslána výzva k předložení dokladů prokazujících skutečnosti zaúčtované v účetnictví a uplatněné v daňových přiznáních za zdaňovací období roku 2007 s termínem splnění do 14. srpna 2009. Jednatelka společnosti opakovaně termín předložení požadovaných dokladů posouvala. Ani ke dni 9. září 2009 daňový subjekt nepředložil věrohodné důkazní prostředky, kterými by prokázal oprávněnost zahrnutí nákladů evidovaných v účetnictví do nákladů daňově účinných. Jednalo se o náklady na spotřebu materiálu a energie ve výši 7 896 000 Kč a ostatní provozní náklady ve výši 1 532 000 Kč v roce 2007, které daňový subjekt nedoložil žádnými důkazními prostředky.

Správce daně dospěl k závěru, že daňový subjekt neunesl důkazní břemeno, neboť neprokázal, že předmětné náklady jsou náklady vynaloženými na dosažení, zajištění a udržení zdanitelných příjmů. Proto správce daně za rok 2006 zvýšil základ daně daňového subjektu o částku 486 000 Kč a doměřil daň z příjmů právnických osob ve výši 116 640 Kč. Za rok 2007 byl daňovému subjektu zvýšen základ daně o částku 9 428 000 Kč a doměřena daň z příjmů právnických osob ve výši 2 262 720 Kč. Daňový subjekt se proti dodatečně stanovené dani neodvolal.