Rozhodnutí Evropská unie omezit používání biopaliv založených na zemědělských plodinách neznamená přímo jejich konec. Naopak. Ministerstvo zemědělství očekává, že dojde k rozmachu jejich druhé generace, která pochází například z lesních zbytků a zemědělského odpadu. 

Podle agentury Reuters plán počítá s odstraněním veškerých státních dotací na biopaliva vyráběná z produktů zemědělství jako pšenice či cukr poté, co v roce 2020 vyprší současná legislativa, ke které se přihlásila i Česká republika. Posvětit ho musí ještě vlády členských zemí EU a unijní zákonodárci.

Biopaliva založená na zemědělských plodinách jsou podle kritiků méně šetrná k životnímu prostředí a jejich podpora má negativní dopad na produkci potravin. Zemědělcům se vyplatí rostliny pěstovat spíše pro technické využití.

„Biopaliva první generace jsou problematická v ohledu na konkurenci s potravinami, naopak rozvoj biopaliv druhé generace bude pokračovat. V každém případě se domníváme, že je třeba i nadále hledat možné náhrady za dlouhodobě neudržitelné využívání fosilních paliv,“ konstatoval tiskový mluvčí ministerstva zemědělství Jan Žáček.

Česká republika navíc podle něj disponuje dostatečnou plochou zemědělské půdy. „V České republice je milion hektarů disponibilní zemědělské půdy pro jiné než potravinářské využití, a to i při předpokladu 100procentní potravinové soběstačnosti,“ sdělil serveru E15.cz Žáček.

To podle něj znamená potenciál pro energetické využití zemědělské půdy, a záleží zejména na trhu, jak bude plocha využita. V roce 2011 suroviny pro výrobu biopaliv zemědělci pěstovali na ploše 101 tisíc hektarů, což činí přibližně 2,9 procenta zemědělské půdy v Česku. „Ministerstvo zemědělství bude preferovat upřednostňování využití biopaliv druhé generace. Zároveň se přístup resortu bude řídit platnou legislativou a cíli stanovenými na úrovni EU," poznamenal Žáček.

Podle mluvčího ministerstva dopravy Jana Hamrníka v současnosti stále platí požadavek Evropské komise, aby podíl energie z obnovitelných zdrojů energie ve všech druzích dopravy v roce 2020 činil alespoň 10 procent konečné spotřeby energie v dopravě v uvedeném členském státě. „Biopaliva v tomto samozřejmě mají svůj podíl, proto byl nastaven i odhad velikosti půdy na které by se měla pěstovat,“ řekl Hamrník.

Ministerstvo životního prostředí podle mluvčího Matyáše Vitíka vyčkává na konkrétní závěry Evropské komise. „Diskuze nad dalším směřováním využívání biopaliv se vede v Bruselu už dlouhodobě, bohužel zatím bez konkrétního výsledku,“ podotkl Vitík.